清史记载，顺治十一年，方以智的老乡兼好友钱澄之去看望方以智，途中借宿一间寺庙，遇到一位僧人，原来是服侍崇祯帝的内廷太监，两人聊得投机，前太监听说钱澄之与方以智相熟，于是发了一番感慨。

清史稿方以智传记载道：“昔侍先皇，一日朝罢，上忽叹曰:求忠臣必于孝子某跪请故，上曰:有一讲官之父巡抚河南指的应该是河南巡抚李仙风，坐失机问大罪。然饰容举止如常。不孝若此，能为忠乎闻新进士方以智，父进大狱，日号泣，持疏求救，此亦人子也。

这段话的意思是:崇祯帝拿一个讲官为皇帝经筵进讲的官员与方以智来对比，这个讲官的父亲在河南做巡抚，因罪问斩，那个讲官居然无动于衷，照样薰衣，服饰、神情、举止如同平常。崇祯帝感叹:“不孝若此，能为忠乎”相比之下，方以智为救父亲，日日持血书哭泣申诉，“这同样也是做人的儿子啊”崇祯帝因此得出一个结论:忠臣，一定要从孝子中来找。

方以智听这段转述时，距离崇祯帝在煤山自缢已有整整10年了，明朝早已覆亡，新朝已是顺治十一年。清史稿方以智传中写道，听完此言之后，方以智匍匐在地，痛哭失声。

他一定是想到了崇祯帝的音容笑貌，想到了天崩地裂、衣冠沦丧的国仇家恨。

甲申之变，李自成攻破北京城，崇祯自尽，方以智在崇祯灵前痛哭，不愿离去，被抓住，并严刑拷打，“加刑毒，两髁骨见，不屈”，不久李自成兵败山海关，方以智趁乱逃往南方，但却被南明小朝廷排挤，四处流浪，饥寒交迫，但始终不肯投降清朝。1650年，他在广西平乐被吴三桂的手下马蛟麟抓住，史载:“其帅欲降之，左置官服，右白刃，惟所择”，方以智毫不犹豫的走向了右边，表示自己绝不投降。

这么忠诚刚烈之人，连敌人都佩服，方以智被释放，当了和尚。

公元1671年，清康熙十年，方以智再次被捕，从江西押往广东时，途经江西万安惶恐滩头，因疽发卒于舟中。但更令人信服的说法是，方以智行至惶恐滩头，想起前朝文天祥事迹，自沉于惶恐滩以殉国。

还有一种说法，说方以智是反清复明组织“天地会”的创始人，这也是他康熙十年被捕的原因。

方以智忠诚如斯，在着述方面更是有惊人的成就，其传世者以通雅五十二卷、物理小识十二卷、药地炮庄九卷为最有名。其中物理小识辑录了各种学科的大量知识，涉及光学、电学、磁学、声学、力学诸多方面，与西方科学家的发现发明大体都在同一时间，有的甚至还提前了半个世纪。

四库全书总目称物理小识“考证奥博，明代罕与伦比”。物理小识传入日本后，日本学者评价为“牛顿之前、中国可以自豪”的关于自然科学的百科全书着作。

方以智撰有多种医学着作，通过传教士的交往，还了解了西医之解剖学，并撰文介绍给国人。

愤而离开南明小朝廷后，浪迹天涯，一度以卖药为生如果方以智不再继续反清，晚年潜心着述，不过问政治，不冒着危险组织天地会，像黄宗羲他们那样专心着述，那么“明末清初三大思想家”，也许就会变成“四大思想家”了。

忠孝双全，矢志不渝，方以智可称是明末的完人。

其父方孔炤，官至三品，通医学、地理、军事，并且较早地接触西学，主张研习经世致用的知识，任湖广总督时，在剿匪中八战八捷，立下赫赫战功，张献忠诈降时，他竭力反对，8次上书，力陈招抚策略的错误，上司均未采纳，崇祯十二年，张献忠反叛时，杨嗣昌反借此劾方孔炤，以贻误军机之名，逮捕下狱，后经方以智以血书诉冤，才得以从轻处理，遣戍绍兴。

方家父子都是忠臣，能臣，可惜都没有被重用。

朱慈烺脑子里瞬间想到了很多，有点走神，竟然忘记让方以智平身了。

方以智一直保持不动。