邪教”一词在华夏历史上实属晚出，但是与“邪教”的范畴相涉的事物则古已有之，早期道教和佛教的一些派别都曾被认为是“邪教”。

迄今可以从华夏历史文献中看到的有关“邪教”一词的最早记录是唐武德四年，太史令傅奕向唐高祖上的一份“废省佛僧表”，内称“胡佛邪教，退还天竺。凡是沙门，放归桑梓。”稍后的《法苑珠林》中有《妄传邪教》一篇，则为反道教宣言。

这些地方是将本宗教之外的宗教指为“邪教”，其含义近似西方的“异教”。但是，对于与今天“邪教”意义更为接近的各种活动，历朝古籍中常常不使用“邪教”一词，唐及以前常常采用“妖术”、“妖贼”、“妖讹”等“妖”系列词，宋及以后由于“食菜事魔”的摩尼教（明教）兴盛，对“邪教”常常以“魔”称之。

明清两代，“邪教”的概念已经逐渐接近现代意义，但是明代并不常用“邪教”一词，而是沿用前代的左道、妖术、异端、妖讹等各种说法。

真正开始全面使用“邪教”一词是在清代。当时的各种文本中均普遍使用“邪教”来指代各种民间秘密宗教，“邪教”成为内涵相对固定的概念。如钱大昕就曾云“乃知‘吃菜事魔’即今人所谓‘邪教’也。”“邪教”这一术语此时被正式用于官方文书当中，清代历朝上谕、臣工奏折、政府告示中均频繁使用。

华夏历史上一直以来并无一个“邪教”的具体定义或认定标准，通常是在遇到具体的某个事件时再将其归为“邪教”。对历朝历代的“邪教”与反“邪教”文献进行分析，可以发现，通常一个教派如果影响较大，信徒众多，就会开始受到政府关注。如果再伴有“夜聚晓散”或是“男女混杂”的现象，那就离“邪教”更近了一步。

另外一个标志就是，谶纬式口号、末世观念的提出和新神降世的宣传。谶纬式口号常使人相信“天命”已经改变，而末世观念认为现世即将毁灭，如果要得到救赎，唯一的办法就是信仰此教；新神降世则隐喻统治者的更迭。这些都具有煽惑民众的作用。现代“邪教”也常常通过预言和宣传末世的方式来迷惑信徒。

总体来说，历史上各个朝代认定“邪教”的标准是接近的，但是随着时代变化其关注点有所不同，其原因是基本上同一时代的秘密宗教，在教义、组织形式和仪式方面都有某些共通之处。一般来说，它们都衍生自某几个宗教教义比较完善，影响较大的教派，例如宋元时期的教派多有弥勒明王之类信仰，有“男女混杂”，“夜晓散”，“吃菜事魔”，“烧香结会”等认定标准，而罗教兴起之后又大都崇奉“真空家乡，无生老母”。

白莲教之后的教派大都采取家族传承的世袭方式，尤其清代，一个教派由一个家族经营的现象十分常见。

在“食菜事魔”出现后，几乎所有见于史料记载的教派都吃斋，不管其教义是否与摩尼教有关。而从白莲教开始的教徒过世俗生活的特征，也被几乎每一个教派保留下来。这些教派之间有复杂的亲缘关系，分支、合并、易名现象很多，以至于教义当中互有杂糅，有很多相似之处。

这些教派吸引信徒入教的方式也很相像，大约有：宣传教主灵异，邻里戚属之间相援引，以末世论制造恐慌，以及以利益相引诱几种方式。其中以利益引诱的方法一是开出“劫后”或“来生”的空头支票，二是使用谶纬式的预言使信徒相信将来会有好处。